Nach dem Tode Haussknechts im Jahre 1903 wurde die Stiftung “Herbarium Haussknecht” als Träger der Sammlungen errichtet und der Botaniker Joseph Bornmüller zum ersten Konservator erwählt. Unter ihm erlangte das Herbarium Haussknecht als Zentrum der Orientbotanik Weltruhm. Während der Inflation zu Beginn der 20er Jahre ging das Stiftungskapital verloren; es begann eine wechselvolle und teilweise auch gefahrvolle Geschichte für die Einrichtung. Doch konnte schließlich erreicht werden, dass Bornmüller als Konservator aus Mitteln des Landes Thüringen über die Trägerschaft des Botanischen Instituts der Universität in Jena bezahlt wurde. Damit fand schon 1923 eine Anbindung an die Jenaer Universität statt, die nach dem zweiten Weltkrieg mit dem Umzug der Sammlungen 1949/50 in das Universitäts-Hauptgebäude in Jena gänzlich vollzogen wurde. Das Herbargebäude war längst zu klein geworden. Konservator des Herbarium Haussknecht war zu dieser Zeit Otto Schwarz, der 1948 auf den Lehrstuhl für Spezielle Botanik der Friedrich-Schiller-Universität berufen wurde. Von 1950 bis 1991 lag die Obhut über die Sammlungen des Herbarium Haussknecht in den Händen von Friedrich Karl Meyer.
Als Teil des Institutes für Spezielle Botanik der Friedrich-Schiller-Universität Jena und Sitz der Thüringischen Botanischen Gesellschaft ist das Herbarium Haussknecht mit seiner Bibliothek und seinen Sammlungen nach wie vor ein Zentrum der botanischen Forschung in Thüringen und darüber hinaus aktiv in die Ausbildung von Biologen, Ernährungswissenschaftlern, Biologie-Lehrern, Geographen etc. eingebunden. Aktuelle Forschungsarbeit und historische Ausstrahlung bilden in den Räumen des Herbariums einen belebenden Nährboden. In den Sammlungen spiegelt sich die menschliche Tätigkeit über rund fünf Jahrhunderte in einer Vielfältigkeit wider, die einem Aussenstehenden zunächst nicht unmittelbar bewusst ist. Es sind nicht nur getrocknete Pflanzenpräparate und Bücher schlechthin, die hier aufbewahrt, betreut und für Interessenten zur Verfügung gestellt werden, sondern Zeitdokumente der botanischen Wissenschaften im weitesten Sinne und der damit verbundenen handwerklichen und künstlerischen Fertigkeiten. Entsprechend vielfältig sind auch die Nutzungsmöglichkeiten der Sammlungen und die jährlichen Anfragen und Anforderungen. Natürlich sind die rund drei Millionen Belege getrockneter Pflanzen, die rund 170.000 bibliographischen Einheiten umfassende Bibliothek und das umfangreiche Archiv hauptsächlich Arbeitsgrundlage für die botanische Forschung. Aber der Bogen spannt sich weiter über wissenschafts- und allgemeinhistorische Aufgabenstellungen, über rein künstlerische Interessen an Illustration, Gestaltung und Schrift bis hin zu handwerklichen Fragen der Präparation, Papierherstellung und Buchbinderei, des Buchdruckes oder der Herbartechnik.
Ein Herbarium ist aber keine rein historisch ausgerichtete museale Einrichtung. Jeder taxonomisch arbeitende Botaniker ist, um sich einen Überblick über eine Pflanzengattung oder -familie und die gesamte vorhandene Merkmalsbreite schaffen zu können, auf Sammlungen in Herbarien angewiesen. Auch floristisch tätige Botaniker, also solche, die den Pflanzenbestand eines bestimmten Gebietes untersuchen und erfassen und damit Grundlagen für zahlreiche naturschutzrelevante Fragestellungen liefern, müssen Sammlungen anlegen und nutzen, um sich eine entsprechende Artenkenntnis zu erarbeiten. Durch die Übergabe solcher Sammlungen an öffentliche Herbarien werden ihre floristisch-pflanzengeographischen Erkenntnisse auf internationaler Ebene nachvollziehbar und überprüfbar. Selbst physiologisch, genetisch oder biochemisch arbeitende Biologen hinterlegen in Einzelfällen ihre Ergebnisse in Form von Präparaten in Herbarien, um über die Publikation hinaus weitere dauerhafte Dokumentation, aber auch eine mögliche Korrigierbarkeit zu erreichen.